Laboratoire Morphodynamique Continentale et Côtière

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Microbiologie et écologie moléculaire

Animateurs

Fabienne Petit, Thierry Berthe, Yannick Colin, Benjamin Janvier

Missions et activités

Le pôle microbiologie et écologie moléculaire, compétence transversale de l’UMR M2C, développe une recherche d’interface entre l’écologie microbienne, les géosciences et la santé. Nos axes de recherche portent sur la vulnérabilité et la résilience des hydrosystèmes (rivière urbaines, estuaires, littoral et aquifères karstiques) à la pression anthropique exercée sur les bassins versants :

  1. Adaptation des communautés microbiennes à la contamination chimique (métaux traces/ contaminants organiques/ résidus médicamenteux).
  2. Devenir et dynamique de transfert des bactéries pathogènes, avec un intérêt particulier sur le rôle de l’environnement dans la dissémination de l’antibiorésistance.

Ces études s’appuient sur des sites ateliers des systèmes nationaux d’observation du CNRS (SNO KARST, ZA Seine), et sont couplées à des expérimentations en laboratoire. Elles sont menées à différentes échelles biologiques (du gène aux communautés microbiennes), spatiales (du site atelier au bassin versant) et temporelles (de l’instantané aux archives sédimentaires). Ces études ont pour objectif de caractériser de manière fine, les interactions entre l’hydrologie, la dynamique sédimentaire, les contaminants et l’écologie des micro-organismes, afin de mieux appréhender le fonctionnement de ces systèmes et d’assurer à terme une gestion globale et intégrée des risques. La démarche d’écologique moléculaire développée repose sur la complémentarité des approches de microbiologie, de culturomique et d’écologie moléculaire (métagénomique), et intègre les différentes formes de vie des microorganismes dans l’environnement aquatique (flocs, périphyton, biofilms ou microbiotes de la faune).

Les laboratoires de microbiologie (en voie de certification L2) et de biologie moléculaire correspondent également au plateau de microbiologie et d’écologie moléculaire de la plateforme de recherche en sciences de l’environnement PRESEN, adossée à la FR CNRS 3137 SCALE.

Les microbiologistes de l’UMR M2C sont associés à l’UMR METIS sur la problématique «Environnement Santé ». 

 

Équipements et moyens

  • 1 Autoclave Laboklav 25-V
  • 2 Autoclaves Vapour Line 80 M et 135 M
  • 1 Système d’eau ultrapure, PURELAB® Option Q
  • 1 Poupinel memmert un110
  • 1 Balance de précision adventurer ohaus Ax324
  • 1 Agitateur Incubateur Innova 42 EPPENDORF
  • 3 incubateurs Memmert
  • 2 hottes chimiques
  • 1 sonicateur bioblock vibra cell 75115
  • 3 Postes de sécurité microbiologique safemate 1.2
  • 1 Poste de sécurité microbiologique airstream esco class II bsc
  • 1 Spectrophotomètre genesis 10 bio thermofisher
  • 3 rampes de filtration (2 sartorius stedim combistart)
  • 1 Microscope LEICA DM 750
  • 4 congélo -80°C (3 sanyo VIP series, 1 eppendorf cryocube)
  • 1 centrifugeuse Beckman microfuge 20
  • 1 centrifugeuse Eppendorf 5804R
  • 1 Analyseur d’images biologie moléculaire Quantum ST4 3026WL/26MX
  • 2 pompes péristaltiques 4 canaux Ismatec
  • 2 chemostats CDC biofilm reactor (CBR)
  • 1 Centrifugeuse Avanti® J-E BECKMAN COULTER
  • 1 Machine à glace brema ice makers
  • 1 Hotte PCR Captair Bio ERLAB
  • 1 Thermocycleur GeneAmp PCR System 9700 Applied Biosystems
  • 1 Mastercycler nexus gradient EPPENDORF
  • 1 Lightcycler 96 Roche
  • 1 ChemScan

Projets

  • Projets Actuels : LITOTES, ANTIMOINE, ICAR, RUNTIME, OAK
  • Projets Passés : DYVA, FLASH, DYNAPAT, RHAPSODIS, PANDORE, AVANT-SEINE