Microbiologie et écologie moléculaire

Le pôle microbiologie et écologie moléculaire, compétence transversale de l’UMR M2C, développe une recherche d’interface entre l’écologie microbienne, les géosciences et la santé. Nos axes de recherche portent sur la vulnérabilité et la résilience des hydrosystèmes (rivière urbaines, estuaires, littoral et aquifères karstiques) à la pression anthropique exercée sur les bassins versants :

1. Adaptation des communautés microbiennes à la contamination chimique (métaux traces/ contaminants organiques/ résidus médicamenteux).
2. Devenir et dynamique de transfert des bactéries pathogènes, avec un intérêt particulier sur le rôle de l’environnement dans la dissémination de l’antibiorésistance.

Ces études s’appuient sur des sites ateliers des systèmes nationaux d’observation du CNRS (SNO KARST, ZA Seine), et sont couplées à des expérimentations en laboratoire. Elles sont menées à différentes échelles biologiques (du gène aux communautés microbiennes), spatiales (du site atelier au bassin versant) et temporelles (de l’instantané aux archives sédimentaires). Ces études ont pour objectif de caractériser de manière fine, les interactions entre l’hydrologie, la dynamique sédimentaire, les contaminants et l’écologie des micro-organismes, afin de mieux appréhender le fonctionnement de ces systèmes et d’assurer à terme une gestion globale et intégrée des risques. La démarche d’écologique moléculaire développée repose sur la complémentarité des approches de microbiologie, de culturomique et d’écologie moléculaire (métagénomique), et intègre les différentes formes de vie des microorganismes dans l’environnement aquatique (flocs, périphyton, biofilms ou microbiotes de la faune).